木瓜蛋白酶是从天然的木瓜原浆中提纯、分离、浓缩、冷冻干燥而成，外观呈白色至浅黄色粉末，易溶于水，是一种天然的食品添加剂，对各种动植物蛋白酶都能起到催化水解作用。

白色至浅棕黄色无定形粉末，有一定吸湿性，或为液体。溶于水和甘油，水溶液无色至淡黄色，有时呈乳白色，几乎不溶于乙醇、和等有机溶剂。

木瓜蛋白酶是一种蛋白水解酶，分子量为23406，由一种单肽链组成，含有212个残基。至少有三个残基存在于酶的活性 部位，他们分别是Cys25、His159和Asp158，当Cys25被氧化剂氧化或与金属离子结合时，酶的活力被抑制，而还原剂（或亚硫酸盐）或EDTA能恢复酶的活力 。另外六个残基形成了三对二硫键,且都不在活性部位。

食品工业应用

可利用酶促反应，使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、饼干松化剂、面条稳定剂、啤酒饮料澄清剂、酱油酿造及酒类发酵剂等。有效转化蛋白质的利用，大大提高食品营养价值，降低成本。