木瓜蛋白酶（Papain），又称木瓜酶，是一种蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一种低特异性蛋白水解酶，广泛地存在于番木瓜的根、茎、叶和果实内，其中在未成熟的乳汁中含量丰富。木瓜蛋白酶的活性 含，属于巯基蛋白酶，它具有酶活高、热稳定性好、天然卫生安全等特点，因此在食品、医药、饲料、日化、皮革及纺织等行业得到广泛应用。

组成结构
番木瓜未成熟果实中含有木瓜蛋白酶(Papain)、木瓜凝乳蛋白酶A(Chymopapain A )、木瓜凝乳蛋白酶B(Chym opapain B )、木瓜肽酶B (PapayaPeptidase B ) 等多种蛋白水解酶。且已知四种蛋白酶的一级结构具有高度的同源性。其中，木瓜蛋白酶属巯基蛋白酶，可水解蛋白质和多肽中赖氨酸的羧基端，并能优先水解那些在肽键的N-端具有二个羧基芳香的肽键。

木瓜蛋白酶是一种蛋白水解酶，分子量为23406，由一种单肽链组成，含有212个残基。至少有三个残基存在于酶的活性 部位，他们分别是Cys25、His159和Asp158，当Cys25被氧化剂氧化或与金属离子结合时，酶的活力被抑制，而还原剂（或亚硫酸盐）或EDTA能恢复酶的活力 。另外六个残基形成了三对二硫键,且都不在活性部位。

纯木瓜蛋白酶制品可含有：
（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的10%；
（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，约占可溶性蛋白质的45%；
（3）溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20%；及纤维素酶等不同的酶。